Desa Brobot telah ada jauh sebelum Indonesia merdeka pada tahun 1945. Namun, hingga saat ini belum diketahui secara pasti kapan Desa Brobot pertama kali didirikan. Berdasarkan informasi yang tersedia, sejarah awal berdirinya desa masih menjadi teka-teki karena belum ditemukan sumber tertulis yang dapat memastikan waktu pembentukannya.
Pada masa pemerintahan dahulu, desa dipimpin oleh seorang Lurah. Saat itu belum terdapat kantor desa sebagaimana sekarang. Rumah Lurah berfungsi sebagai pusat pemerintahan desa sekaligus digunakan sebagai tempat pelayanan masyarakat dan balai pertemuan warga.
Kantor Balai Desa Brobot mulai dibangun dan diresmikan pada hari Sabtu, 25 Maret 1978 oleh Bupati Purbalingga, Bapak Soedaryono. Sejak saat itu, kegiatan pemerintahan desa dipusatkan di kantor desa yang digunakan hingga sekarang.
Berdasarkan catatan dan informasi yang masih diketahui hingga saat ini, Desa Brobot pernah dipimpin oleh empat orang Lurah dan empat orang Kepala Desa.
Menurut cerita yang berkembang secara turun-temurun di masyarakat, sejarah Desa Brobot bermula pada masa akhir Perang Pangeran Diponegoro (1825–1830). Dikisahkan bahwa salah seorang prajurit yang tetap setia kepada Pangeran Diponegoro, bernama Ditarota, mengasingkan diri untuk menghindari kejaran pasukan Belanda. Dalam pelariannya, beliau tiba di suatu tempat yang kini dikenal dengan nama Sukawera. Nama Sukawera dipercaya memiliki makna "senang keramaian" dan saat ini menjadi bagian dari wilayah Desa Brobot.
Keberadaan Desa Brobot diperkirakan berdekatan dengan berdirinya Kabupaten Purbalingga pada tahun 1831. Sebelum dikenal sebagai Desa Brobot, wilayah ini terdiri atas beberapa perdukuhan yang masing-masing dipimpin oleh seorang Lurah Kecil. Perdukuhan tersebut meliputi Dukuh Sukawera, Dukuh Lerep, Dukuh Bantar Panjang, dan Dukuh Brobot.
Seiring berjalannya waktu, keempat perdukuhan tersebut kemudian melebur menjadi satu kesatuan wilayah yang diberi nama Desa Brobot dan dipimpin oleh seorang Lurah Besar. Berdasarkan cerita yang diwariskan secara turun-temurun, proses peleburan tersebut terjadi pada masa Perang Kemerdekaan Negara Kesatuan Republik Indonesia.